Se graduó de Médico en la Universidad Nacional de Córdoba en el año 1959; obtuvo su doctorado con una calificación sobresaliente y fue distinguido con el Premio Facultad de Medicina en el año 1961. Posteriormente continuó con su formación posdoctoral como becario de la Fundación Rockefeller en la Universidad de Tulane y en la Universidad de Harvard, donde adquirió una extensa formación en Microscopía Electrónica junto al Dr. Don Fawcett, precursor mundial de esa especialidad.
Como pionero de la Microscopía Electrónica de Transmisión aplicada a la Biología regresó a la Argentina, a la Universidad Nacional de Córdoba, donde fundó el Centro de Microscopía Electrónica en el año 1977. Posteriormente creo el Departamento de Bioingeniería, dependiente del Centro de Microscopía Electrónica, promoviendo que ingenieros electrónicos cumplan un rol fundamental en el mantenimiento del microscopio electrónico a bajo costo, y en la formación de recursos humanos en el área que continúa desarrollándose hasta el día de hoy. Asimismo, el Dr. Aoki estimuló y colaboró en la formación de nuevos centros de Microscopía Electrónica en el país.
Realizó una prolífica labor docente y científica en Argentina y en el exterior. Se desempeñó como Profesor Titular Plenario en la Facultad de Ciencias Médicas, nombrado Profesor Emérito de la Universidad Nacional de Córdoba y Académico de la Academia Nacional de Ciencias en el año 2000. Además, por su amplia labor científica, fue promovido a la categoría de Investigador Superior del CONICET.
La extensa actividad científica realizada por el Dr. Agustín Aoki se ve reflejada en la publicación varios capítulos de libros y más de 100 publicaciones en revistas internacionales de alto impacto en el área de la Biología Celular y Endocrinología.
Esta intensa actividad científica del Dr. Agustín Aoki fue de la mano de una destacada formación Recursos Humanos en diferentes áreas de la Biología Celular.
Fue notorio el impulso que el Dr. Aoki dio a la actividad al servicio al sector salud. En sus comienzos, esta actividad de transferencia estuvo centrada en el diagnóstico médico a través del análisis ultraestructural de biopsias renales. Esta actividad de transferencia se fue potenciado en el tiempo, ampliando la demanda desde distintas provincias del país. Producto de su gestión, el Centro de Microscopía Electrónica es hoy una facility central que brinda servicios de análisis ultraestructural de una gran diversidad de materiales biológicos. Sin lugar a dudas, el Dr. Agustín Aoki fue un innovador y un pionero de la microscopía electrónica en nuestro país; un gran maestro de la microscopía electrónica en nuestro medio.
